人体微生物是与生俱来的，不管你喜不喜欢，它们都在那里。人体内寄居的微生物与人体免疫系统是一个相互对立的统一体，而微生物对健康的影响程度既取决于免疫功能的强弱，也与微生物的多样性有关。如果把微生物比作“邪气”，免疫功能比作“正气”，那么正气压倒邪气就代表健康，而邪气压倒正气则代表疾病。
人体微生物群落（microbiota）主要由细菌、真菌、病毒和寄生虫等组成，它们共存于人体管腔及内外表面，构成了一整套微观生态系统。这些微生物之间互相制约，各有各的“地盘”，谁也不能“越雷池半步”。因此，每种微生物的种群规模都不会发展得太大，也就不至于严重影响人体健康，这时我们的免疫系统可以容忍微生物的存在，形成某种程度的免疫耐受性。
然而，由于各种各样的原因，那种微生物种群之间“势均力敌”的状态随时都有可能被打破，从而导致种群分布的不平衡。比如，某人因感冒继发咽喉炎、支气管炎和肺炎时，必须服用抗生素消除病原细菌在呼吸道内造成的感染，这样就会杀死体内原有的一些“无辜”细菌，并把占有的地盘拱手交给其他病原体，这样就会引发微生物群落失调（dysbiosis），并可能最终引发疾病。
婴儿从母亲体内自然分娩时，其拥有的微生物群落均来自母体，可以形象地称之为“原生态”，但若为剖腹产，则婴儿会被医院的环境微生物“污染”，而不再是纯粹的原生态。我们之所以强调原生态，是因为它的微生物组成是协同人体共同进化的产物，不会对人体健康产生不良影响。拥有原生态微生物群落的人，只有当他们步入老年后免疫功能逐渐衰弱时才会显示出疾病症状。
不过，在现代社会中，真正的原生态实际上早已不复存在了，因而只有“健康态”与“病态”两种形态之分，至于是否存在“过渡态”还有待商榷。理想的健康态是“无菌”状态，但在这个充满微生物的世界里，人体内是不可能无菌的，我们只能追求并达到“少菌”状态。至于病态，应该是“多菌”（指数量而不是多样性）造成的，因为它打破了人体的免疫耐受性，就像“撕毁”了“停战协定”一样，敌我双方已经进入“战争”状态。
面对这种“混战”局面，即使智力高度发达的人类，所能使出的“镇压”手段也不多。首选方案当然是使用抗生素这一“杀手锏”，但会遭遇抗药性及“二次感染”（非目标微生物过度繁殖）两大难题。因此，真正能彻底解决问题的是“换菌”，就是用健康态菌群替换病态菌群。另外就是通过饮食和锻炼增大微生物群落多样性及增加益生菌数量。