寄生于人体的微生物的数量是人体细胞数量的20倍，一个成年人身上有超过200万亿个微生物，每个人身上寄生着至少1000种不同种类的微生物。从微生物的角度看，与其说人是一个独立的生物体，不如说是一个由众多生态系统构成的超级有机体，每个生态系统中都生活着对我们的健康至关重要的微生物。
像一片茂密的热带雨林，寄生于人肠道的微生物构成了一个多样性的生态系统，只有当所有相互依靠的物种都健康时，这个系统才会健康繁荣。
人体微生物研究违背人们的直觉。多数人——甚至包括很多科学家——都认为微生物与疾病而非健康相关。当然，并非所有的微生物都是有益的。婴儿尤其容易患上因胃肠道细菌感染导致的疾病，其中包括败血症，慢性腹泻和坏死性肠炎——一种肠壁感染，也是导致早产儿死亡的主要原因之一。长期以来，抗生素一直是对抗这些危险的细菌的首选，但是很多研究者对于现代医学对抗生素的严重依赖感到担忧。毕竟，寄生于人体的很多微生物是无害甚至有益的。关键在于平衡。平衡的肠道菌生态系统可以抵消少数坏分子的破坏力。
新生儿在产道中获取大约100种微生物，其他来自出生后与母亲的皮肤的接触。随着与外界接触的增加，更多的微生物来自医生、护士、父亲、亲戚和家庭宠物。当婴儿长到6个月大时，他或她将获得约700种微生物，到3岁时，每个孩子的身上微生物群构成都是独一无二的，就像指纹。
大剂量使用抗生素可导致耐药反应，现在研究者怀疑，抗生素还可能打破微生物群落的平衡，导致疾病恶化。
斯坦福大学的微生物学家大卫?雷曼发表了一份研究报告，说明了抗生素对于微生物群的巨大冲击。他给3名健康成年人服用抗生素药环丙沙星，5天为1疗程，在半年之后，再次用药，然后监视每个疗程后志愿者体内微生物群的状况。一段时间后，3人的肠道菌群都逐渐康复，但是均未能恢复到原始状态——微生物的构成发生变化，种类减少。
有科学家指出：“当使用抗生素，基本上相当于朝微生物群落丢一颗炸弹，希望爆炸不会伤害有益菌，这就好比，为了控制杂草而在森林里纵火。我们的建议是，谨慎地干预菌群中的成员，协调它们的关系，而不是将它们全体歼灭。”