从蛋鸡的养殖难度上看，有机鸡蛋的生产算得上是行业内的最高标准。饲料开销大、产蛋量少、认证严格，这些都大幅提高了养殖成本。而且，一旦因为染病而用了抗生素，在停药期结束之前不能进行有机认证，风险很大。这么看来，有机鸡蛋的高售价并不是有意要坑“人傻钱多”的消费者。那么，如此苛刻的养殖条件，给有机鸡蛋带来了什么优越性吗？
美国内科医生约瑟夫?梅克拉在自己创办的网站上撰文称，鸡蛋凭借高含量的蛋白质和脂肪，成为人体获取能量的理想食物。而吃有机饲料的蛋鸡产下的有机鸡蛋，营养含量更是优于工业化养殖生产的鸡蛋。他援引美国环境类双月刊《大地之母新闻》2007年刊登的一份鸡蛋检测数据，并与美国农业部公布的普通鸡蛋营养数据对比发现，有机鸡蛋的胆固醇含量比普通鸡蛋低了1/3，饱和脂肪低了1/4，而维生素A、维生素E和β-胡萝卜素含量则分别是普通鸡蛋的1.67倍、3倍和7倍。也就是说，有机鸡蛋在这场营养素“PK”战中完胜普通鸡蛋。
这样看来，不靠走捷径生产出来的有机鸡蛋，比较符合它的“天然”身份和消费者的期望，这种观点也因此收获了很高的支持率。然而，认为“有机与否和鸡蛋的营养成分没有必然联系”的声音同样很高。
美国报纸《饲料》在其创办的“Feedstuffs Foodlink”网站上列出了一份研究，对比了有机鸡蛋和普通笼养鸡蛋在蛋白质、脂肪、胆固醇方面的含量差异。两组数据的差异过于微小，不能确定这种差异是有机与非有机带来的。因此，有机鸡蛋与普通鸡蛋的营养并没什么大的差异。
中国农业大学食物学院营养与食物安全系副教授范志红指出，鸡蛋的营养价值高低，主要看鸡的“伙食”是否均衡，身体是否健康，周边环境是否有污染等具体生活质量问题，而非宏观养殖方式上是否“有机”。
放养更易染病菌
说到安全，人们总是先考虑“吃不出毛病”，然后才是“吃得好”。鸡蛋的安全取决于周围环境是否污染。在这方面，笼养鸡蛋更有优势。美国和欧洲的研究都显示，因为散养鸡和有机鸡经常外出，到处啄食，体内含有更高的环境污染物多氯联苯（PCBs，易干扰内分泌系统）。加利福尼亚州一项研究发现，一个散养和有机饲养的农场，因为毗邻木材加工厂，鸡体内的PCBs含量比笼养鸡高出近百倍。另外，散养鸡或有机鸡近距离接触鸡的粪便，容易使鸡蛋染上大肠杆菌。
美国普渡大学食品工程博士云无心在自己撰写的《土鸡蛋真的更好吗？》一文中，引用了一份研究报告：2006年，荷兰学者总结发现，荷兰以及其他欧盟国家有机鸡蛋中的二恶英含量，明显高于“笼养鸡蛋”，其中有相当大的一部分甚至高于欧盟所允许的安全标准。要知道，欧盟“有机产品”的管理体系相当完善和严格，这样的有机农场产出的鸡蛋比笼养鸡蛋中的二恶英含量还高，让人匪夷所思。根据学者们手头现有的证据，有机鸡在野外活动中所吃的虫子、蚯蚓之类的食物，很可能是一个重要因素，但要得出确切结论还不够有力。
就目前的研究资料来看，科学界的主流看法是，鸡蛋本身就是一种营养丰富的食物，有机鸡蛋、散养鸡蛋与笼养鸡蛋在营养方面没有必然差距，而在卫生安全方面，3种养殖方法都取决于具体管理操作是否科学合理。由于放养的养殖方式，有机鸡蛋污染风险的不确定性较高。
颜色无关好坏
此外，还有一个误区是，很多人从蛋黄颜色来判定鸡蛋好坏。其实，蛋黄颜色由蛋鸡所吃食物种类决定。一只以小麦类食物为主要摄入来源的蛋鸡，所产的蛋通常蛋黄呈浅黄色，一只主吃玉米或苜蓿的蛋鸡，其蛋黄颜色往往更深。蛋黄颜色的深浅并不反映鸡蛋质量好坏、新鲜与否或营养高低。还有人认为红壳或棕壳鸡蛋比白壳鸡蛋好，其实这与鸡蛋质量、味道、营养价值、蛋壳厚度等并不相关。蛋壳颜色只因为蛋鸡品种不同。
既然不同鸡蛋的营养成分都差不多，怎么挑选合适的呢？由于鸡蛋很容易受到沙门氏菌和其他致病微生物的感染，一旦感染，不管是生吃还是熟食其营养都会大打折扣。因此，选购鸡蛋关键是要新鲜，如果选购时间过久的有机鸡蛋，还不如购买新鲜实惠的普通鸡蛋。