解放初期，熊十力的生活是安定的，但心底却是孤独的，落寞的。他的学说逐渐被边缘化，著作也很少行世。他成了一个“落伍”的人，拒绝“进步”，拒绝“热闹”，拒绝“改造”。中国哲学会请他做委员，他提出两个条件：不开会，不改造思想。他对自己的学生说：“我是不能去开会的，我是不能改造的，改造了就不是我了。”又说：“马一浮写信给我，说他自己是‘确乎其不可拔’！我回信说我也是‘确乎其不可拔’！他以为我到北京，就‘尽弃其所学’了！”
晚年，熊十力由上海市委统战部“领导”，因此，他经常要向统战部领导汇报一下自己的近况，遇有运动，也难免表一下态。1960年12月，熊突然便血，便写信给统战部，“谨请予我一个宰好了的肥的母鸭子，看可救此症否？”并说“素承厚意怜念老人，故敢常扰。”统战部12月5日向上级请示：“拟同意送母鸭一只，请核。”领导批曰“同意”，于是，12月9日，熊十力得到了一只肥母鸭。
1965年夏，弟子习傅裕去看望自己的老师时发现，熊先生明显地衰老了，目光不再如以前那般如炬，谈吐不再像以前那般滔滔，情绪也不再像以前那么激昂了。他一人独坐屋中，身穿褐色长衫，扣子全无，只用一麻绳作腰带，状若老僧。屋内墙上挂着三个大字书写的君师帖，从墙头一直贴到天花板，孔子居中，左右是两位王先生：王船山和王阳明。此时，先前的老友和学生也多数被打倒、批判，其余的也岌岌可危。他的著作也被当作“反动复古主义”而遭到批判，无人以对，唯与古圣先贤心仪神交，稍可慰藉。他晚年为自己订有“三戒”：不出门、不会客、不写信，衰年求静，聊以卒岁。他曾作一联寄友人：“衰年心事如雪窖，姜斋千载是同参。”可见其晚年心境之凄凉！
1966年夏，熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文，伤感至极，他痛彻地感到：国家病矣！随之，他被视为“反动学术权威”，家被抄了，书籍、手稿、信札，或被撕，或被烧，或被查封；人被轮番批斗，复旦小学和建新中学的红卫兵小将们没日没夜对一个81岁的老人使虐，并勒令交代“历史问题”，限期交出来；住房被造反派的头目们霸占，老人被勒令搬出寓所，同时，就连青云路儿子的家也被查抄，父子均遭批斗。他有些看不懂了，拒领政协每月发放的工资，以示抗议。
1968年春，上海造反派竟命令已83岁高龄的老人跪在高台上，开群众大会批斗、辱骂。这对一生孤高气傲、睥睨风云的熊十力来说，是难以忍受的奇耻大辱。处此艰厄之境，他的精神再也无法承受而渐至错乱。他不断地给陈毅、董必武写信，对运动提出批评，硬让家人寄出去。无处说话时，他经常在很多小纸条上写些抗议的话语，甚至写在裤子上、袜子上，独自一人，面容悲戚、跌跌撞撞地走上街头或公园，双泪长流，口中念念有词：“中国文化亡了！”“中国文化亡了！”走累了就席地而坐。然而，街市攘攘，人人自危，没有人理会他。
1968年，熊十力一度绝食，以求速死。春夏间，患肺炎，高烧不止，不肯服药。病情好转后，又患感冒。因大便用力过猛，心力衰竭，1968年5月23日上午，一代大儒走完了他84年的人生路程。